Para configurar um filme em flash como transparente no HTML, você deve incluir o parâmetro WMODE nas intruções de <object> e <embed>, como no exemplo a seguir:
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE..."
codebase="http://download.macromedia.com/pub/..."
width="468" height="240" title="123">
<param name="movie" value="rolloverExpand_inicio.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="wmode" value="transparent" />
<embed src="rolloverExpand_inicio.swf"
width="468" height="240"
quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.c..."
type="application/x-shockwave-flash" wmode="transparent"></embed>
</object>